בשנת 1949 נקדחה באר מים על ידי אגף המים במשרד החקלאות[1], במקום שעד אז כונה ביר הינדיס (מערבית: באר חושך). הבאר שימשה כמקור המים הראשון של אילת, בטרם חוברה העיר לרשת המים הארצית.
בדצמבר 1950 הוקם בקרבת הבאר בסיס גדנ"ע. ועדת השמות הממשלתית קבעה את שמו החדש של המקום-באר אורה (בניגוד למשמעות השם המקורי: באר החושך). הבסיס פעל עד ראשית שנות ה-90.
בשנת 1989 החליטה הממשלה להקים יישוב בבאר אורה במקום בסיס הגדנ"ע[2]. ב-15 במאי 2001 הונחה אבן הפינה ליישוב[3], בסמוך לבסיס הנטוש, במטרה לאכלס את הערבה ולקרב תושבים ממרכז הארץ אל הנגב אשר נקבע כאזור התיישבותי מועדף. סגנון הבנייה ייחודי ומותאם לאופי המדבר. עם הקמתו הוקצו ביישוב 195 מגרשים לבניית בתים, ובשלב ראשון נבנו ביישוב 24 בתים ומבני ציבור. בשנת 2009 הושלם הקמת שלב ב' של היישוב שכלל עוד 22 בתים[4].
בשנת 2010, לאחר דיונים שנמשכו מאז שנת 2004, הוחלט להעביר את נמל התעופה אילת לאזור הסמוך לבאר אורה, ולהקים בו את נמל התעופה תמנע.